ncRNAによる遺伝子発現制御
miRNAやlncRNAなどの非翻訳性RNAに着目し、標的遺伝子、発現変動、疾患関連性を統合的に解析します。
wet研究から生まれる生命科学の問いをバイオインフォマティクスで解く
当研究室では、iPS細胞から四肢発生過程を模倣した軟骨誘導プロトコルを開発し、その軟骨を用いて「発生」・「再生」・「ガン」の３つの軸で研究を進めています。
それらのwet研究から生まれる生命科学・医学上の問いやデータを背景に、マルチオミクス解析、ネットワーク解析、機械学習、ncRNAを軸として生命システムの制御機構をデータから読み解き、
軟骨に関する発生・再生・疾患治療に資するバイオインフォマティクス／データサイエンス研究を推進しています。
主な研究課題
公開データ、実験データ、文献情報を統合し、疾患・発生・再生に関わる制御ネットワークを解析します。
生命システムのネットワーク解析
遺伝子、タンパク質、代謝物、表現型を結ぶ多層ネットワークから、組織機能を支える制御構造を探索します。
機械学習によるバイオデータ解析
トランスクリプトームやオミクスデータに対して、特徴量抽出、分類、予測、解釈可能なモデル構築を行います。
バイオインフォマティクス解析手法・ツールの開発
オミクスデータ解析、ネットワーク解析、生命科学データサイエンスのための新しい解析手法・ソフトウェアツールの開発を行います。
キーワード
wet研究室でバイオインフォマティクスに取り組みたい方へ
当研究室での研究のやり方は大きく分けて３つあります。いずれも、wet研究で生まれる問い・実験データ・生物学的解釈との接点を重視しています。
一つ目は、「データ解析研究」です。生物学寄りの研究で、当研究室が取得してきた実験データや公共データを用いて新しい生物学的知見を明らかにすることを目的とします。主に、bulk RNA-seq, scRNA-seq, smRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag, Visiumのいずれかまたは複数を組み合わせてマルチオミクス解析をします。解析結果はwet研究者と議論し、生物学的な仮説へつなげます。
二つ目は、「手法開発研究」です。理論・数学寄りの研究で、新しいバイオインフォマティクス的・データサイエンス的手法を開発することを目的とします。実際のオミクスデータやwet研究側の解析課題に近い環境で、手法の有用性を検討できます。
三つ目は、「実証研究」で、wet研究とdry研究を両方自分で行います。細胞・動物実験→オミクスデータを取得→解析→細胞・動物実験で検証、という流れを自分の研究としてつなぐことができます。
当研究室では、wet研究・生命現象・実験データに近い環境で、こうしたdry研究に取り組む大学院生を募集しています。
修士課程・博士課程への進学、研究室見学、オンライン面談を検討している方は、大学院生募集ページをご覧ください。