学部3年生が３ヶ月間の基礎研究体験を修了しました。
岡山大学医学部では3年次の10月から12月の３ヶ月間、希望した研究室に配属されて基礎研究を体験する講義、医学研究インターンシップ（略称 MRI）があります。
当研究室では3人まで受け入れており、今年配属された学生は2人がwet研究、1人がdry研究をすることになりました。
（2023年度はdry研究をする方がいませんでしたが、今年からdry研究枠が復活しました。）
2022年度は計算構造生化学的な内容でしたが、今年はオミクス解析に挑戦してもらいました。
当研究室では、bulkRNA-seq、scRNA-seq、Visium、ATAC-seq、CUT&Tagは経験がありますが、細胞核内で物理的に接近しているDNA領域を網羅的に解析する手法は未着手でした。
そこでMRI学生に、パイプラインの作成から公共データを用いた解析体験まで一通りやっていただきました。
これまでプログラミングに一切触れたことのない学生が、HPCにアカウント登録することから始まり、Linuxコマンドの使用などを経て自作したパイプラインを実行するところまで辿り着きました。
そして無事、クロマチン相互作用のヒートマップまで描画できました。
３ヶ月という短い時間でしたが、コンピュータだけで研究するというこれまで触れたことのない実験は大変だったと思います。
お疲れ様でした。